המהומה סביב צו ההריסה למבנה ישיבת 'בית שמואל' בשכונת בית וגן, טלטל גם את צמרת מפלגת 'דגל התורה' ואיים לפעור סדקים בהרמוניה – לפחות זו הנראית לעין – בין הנציגים השונים בעירייה ובינם לבין נציגי המפלגה הארציים.

בעקבות ציטוט של גורם ב'דגל התורה' שמתח ביקורת על התנהלותו של חבר המועצה ישראל קלרמן, ועל החידלון שיוחס לו באי מניעת התפוצצות הפרשה, התקשר הערב יו"ר ועדת הכספים ויו"ר 'דגל' ח"כ גפני לקלרמן, וביקש לחזק אותו ולהעביר מסר כי הוא מתייצב מאחוריו.

גפני גם שיבח את ההסכם שבסופו של יום עמוס ומתוח נחתם בין הצדדים, והודה לקלרמן על חלקו המכריע. בסביבתו של חבר המועצה הסתפקו בהבהרת הדברים בתוך שורות המפלגה, וסירבו להגיב על הטענות שהופנו נגדם.

"כשמדובר בגורמים אנונימיים, קשה לדעת האם בכלל יש למה להתייחס, או שמא מאחוריהם עומדים עמיתים שמתקשים לפרגן", אמרו הערב בסביבתו של קלרמן ל'קול חי', "כך או אחרת, אין לנו כל כוונה להתייחס ולהגיב לדברים".